Khoảng tết năm 889, thuộc hạ của Tần Tông Quyền là Thân Tùng (申叢) đã tiến hành binh biến chống lại ông, Tần Tông Quyền bị bắt, bị bẻ gãy chân và bị giam giữ. Thân Tùng sau đó quy phục Chu Toàn Trung, được Chu Toàn Trung bổ nhiệm là Thái châu lưu hậu.[2] Tuy nhiên, vào mùa xuân năm 889, một bộ tướng khác là Quách Phan (郭璠) đã giết chết Thân Tùng (tuyên bố với Chu Toàn Trung rằng Thân Tùng có ý định phục vị cho Tần Tông Quyền) và giải Tần Tông Quyền đến Biện châu.[9]

Chu Toàn Trung sau đó giải Tần Tông Quyền đến Trường An.[9] Vào ngày 1 tháng 4,[3][4] Tần Tông Quyền bị xử chém đầu dưới một gốc liễu, Kinh Triệu doãn Tôn Quỹ (孫揆) giám sát việc hành hình. Ngay trước khi bị hành hình, Tần Tông Quyền la hét với Tôn Quỹ: "Thượng thư xét Tông Quyền là kẻ phản loạn sao?. Nhưng đó chỉ là lòng trung thành của ta không thể hiện được." Nghe được những lời này, những người tụ tập để chứng kiến vụ hành hình đều bật cười.[9] Vợ của Tần Tông Quyền là Triệu thị cũng bị xử chém cùng ông,[5] hoặc bị đánh đến chết.[4]